दिशानिर्देशों की मुख्य विशेषताएं इस प्रकार हैं:

प्रत्येक ग्रामीण परिवार को एफएचटीसी प्रदान करके राष्ट्रीय ग्रामीण पेयजल कार्यक्रम (एनआरडीडब्ल्यूपी) के तहत शुरू की गई योजनाओं को समयबद्ध पूरा करने का प्रस्ताव दिया गया है। FHTCs प्रदान करने के लिए उसी की रेट्रोफिटिंग की लागत को छोड़कर समय के विस्तार या लागत वृद्धि की अनुमति नहीं दी जाएगी।
जल गुणवत्ता प्रभावित बस्तियों को जेजेएम के तहत कवर करने को प्राथमिकता दी जाएगी।
जेजेएम के कार्यान्वयन के लिए निम्नलिखित संस्थागत व्यवस्था का प्रस्ताव किया गया है:
केंद्रीय स्तर पर राष्ट्रीय जल जीवन मिशन;
राज्य स्तर पर राज्य जल और स्वच्छता मिशन (एसडब्ल्यूएसएम);
जिला स्तर पर जिला जल और स्वच्छता मिशन (डीडब्ल्यूएसएम); तथा
ग्राम स्तर पर ग्राम पंचायत और/या उसकी उप समितियां अर्थात ग्राम जल स्वच्छता समिति (वीडब्ल्यूएससी)/पानी समिति
जेजेएम के लिए अतिरिक्त बजटीय संसाधन उपलब्ध कराए जाएंगे और आवंटन मानदंड के अनुसार राज्यों/संघ राज्य क्षेत्रों के बीच सकल बजटीय सहायता के साथ आवंटित किए जाने का प्रस्ताव है।
वित्तीय वर्ष के अंत में अन्य राज्यों द्वारा उपयोग नहीं की गई निधि से राज्यों/संघ राज्य क्षेत्रों के अच्छे प्रदर्शन को प्रोत्साहन दिया जाएगा।
केंद्र सरकार द्वारा राज्य सरकारों को जारी की गई निधि को एक एकल नोडल खाते (एसएनए) में जमा किया जाना है, जिसे एसडब्ल्यूएसएम द्वारा बनाए रखा जाएगा और साथ ही राज्य के मिलान वाले हिस्से को केंद्रीय रिलीज के 15 दिनों के भीतर स्थानांतरित किया जाएगा। सार्वजनिक वित्त प्रबंधन प्रणाली (पीएफएमएस) का उपयोग निधियों पर नज़र रखने के लिए किया जाना चाहिए।
मिशन की भौतिक और वित्तीय प्रगति की निगरानी आईएमआईएस के माध्यम से और पीएफएमएस के माध्यम से निधि के उपयोग का प्रस्ताव है।

केंद्रीय हिस्से से शत-प्रतिशत शुल्क, बिजली शुल्क, नियमित कर्मचारियों का वेतन और जमीन की खरीद आदि जैसी योजनाओं के संचालन एवं रखरखाव की लागत के लिए कोई खर्च की अनुमति नहीं दी जाएगी।
भारत के संविधान के 73वें संशोधन की भावना को आत्मसात करते हुए, ग्राम पंचायत या उसकी उप-समितियां गांव के बुनियादी ढांचे की योजना बनाने, डिजाइन करने, निष्पादन, संचालन और रखरखाव में महत्वपूर्ण भूमिका निभाएंगी।
ग्रामीण समुदायों के बीच स्वामित्व और गौरव की भावना लाने के लिए, पहाड़ी, जंगली, और 50 प्रतिशत से अधिक अनुसूचित जाति / अनुसूचित जनजाति बहुल आबादी वाले गांवों में गांव में जलापूर्ति के बुनियादी ढांचे के लिए 5 प्रतिशत पूंजीगत लागत योगदान, और शेष में 10 प्रतिशत गांवों का प्रस्ताव है।
समुदायों को योजना की इन-विलेज इंफ्रास्ट्रक्चर लागत का 10 प्रतिशत प्रदान करके पुरस्कृत किया जाना है, जिसे ब्रेकडाउन आदि के कारण किसी भी अप्रत्याशित व्यय को पूरा करने के लिए एक परिक्रामी निधि के रूप में उनके द्वारा बनाए रखा जाएगा।
गांव के बुनियादी ढांचे और सामुदायिक भागीदारी प्रक्रिया, ग्राम पंचायत और / या इसकी उप-समिति, कार्यान्वयन सहायता एजेंसियों (आईएसए), अर्थात। स्वयं सहायता समूहों (एसएचजी)/सीबीओ/एनजीओ/वीओ इत्यादि को राज्य सरकार द्वारा चिन्हित और पैनलबद्ध करने और आवश्यकता के अनुसार एसडब्ल्यूएसएम/डीडब्ल्यूएसएम द्वारा नियुक्त किए जाने का प्रस्ताव है।
2024 तक प्रत्येक ग्रामीण परिवार में एफएचटीसी प्रदान करने के लिए समयबद्ध तरीके से 'गति और पैमाने' के साथ तेजी से कार्यान्वयन सुनिश्चित करने के लिए, जल क्षेत्र में सभी हितधारकों के साथ साझेदारी बनाने का प्रस्ताव है; स्वयंसेवी संगठन, क्षेत्र भागीदार, जल क्षेत्र के पेशेवर, विभिन्न निगमों की नींव और सीएसआर शाखाएं।
जेजेएम का लक्ष्य पर्याप्त मात्रा में पीने योग्य पानी यानी 55 लीटर प्रति व्यक्ति प्रति दिन (एलपीसीडी) निर्धारित गुणवत्ता यानी बीआईएस मानक आईएस: 10500 नियमित आधार पर उपलब्ध कराना है। घरेलू परिसरों में सुरक्षित पेयजल की सुनिश्चित उपलब्धता से स्वास्थ्य में सुधार होगा और इससे ग्रामीण आबादी की सामाजिक-आर्थिक स्थिति में सुधार होगा और ग्रामीण महिलाओं, विशेषकर लड़कियों की कठिनाई में भी कमी आएगी।
प्रत्येक गाँव को एक ग्राम कार्य योजना (VAP) तैयार करनी होती है जिसमें अनिवार्य रूप से तीन घटक होंगे; i.) जल स्रोत और उसका रखरखाव ii.) जल आपूर्ति और iii.) ग्रे जल प्रबंधन। ग्राम कार्य योजना को जिला स्तर पर एकत्रित कर जिला कार्य योजना तैयार की जायेगी जिसे राज्य स्तर पर एकत्रित कर राज्य कार्य योजना तैयार की जायेगी। राज्य की कार्य योजना विशेष रूप से जल संकटग्रस्त क्षेत्रों की जरूरतों को पूरा करने के लिए क्षेत्रीय ग्रिड, थोक जल आपूर्ति और वितरण परियोजनाओं जैसी परियोजनाओं को कवर करते हुए एक समग्र दृष्टिकोण देगी और राज्य में पेयजल सुरक्षा सुनिश्चित करने के लिए एक योजना भी होगी।
एसडब्ल्यूएसएम केंद्रीकृत निविदा के माध्यम से दर अनुबंध और प्रतिष्ठित निर्माण एजेंसियों / विक्रेताओं को सूचीबद्ध करेगा और शीघ्र कार्यान्वयन के लिए डिजाइन टेम्पलेट तैयार करेगा।
वर्षा जल संचयन, भूजल पुनर्भरण और अन्य जल संरक्षण उपायों के साथ-साथ ग्रे जल प्रबंधन (पुन: उपयोग सहित) जैसे अनिवार्य स्रोत स्थिरता उपायों को वित्त आयोग, राज्य वित्त आयोग, जिला खनिज विकास कोष के तहत मनरेगा और अनुदान के साथ अभिसरण में किए जाने का प्रस्ताव है। डीएमएफ), आदि। विभिन्न स्रोतों से पेयजल आपूर्ति के लिए उपलब्ध निधि का आकलन और पूल करने का प्रस्ताव किया गया है, सरकार जैसे एमपीलैड्स, एमएलएएलएडीएस, डीएमडीएफ या दान चाहे राज्य स्तर पर या ग्राम स्तर पर अनुमोदित के अनुसार सख्ती से उपयोग किया जाए योजनाएँ। यह स्वीकृत योजना से भटकते हुए समानांतर जल आपूर्ति बुनियादी ढांचे के निर्माण को रोकने में मदद करता है।
दिशानिर्देशों में यह भी प्रस्ताव है कि राज्यों की एक निश्चित ओ एंड एम नीति होगी, विशेष रूप से पीडब्लूएस योजना की मासिक ऊर्जा लागत जैसी ओ एंड एम आवश्यकताओं को पूरा करने के लिए, उपयोगकर्ता समूहों से लागत वसूली सुनिश्चित करके और इस तरह सार्वजनिक खजाने पर किसी भी अवांछित बोझ से बचने के लिए।
जेजेएम पेयजल आपूर्ति सेवाओं के प्रावधान में संरचनात्मक परिवर्तन की परिकल्पना करता है। सेवा प्रावधान को 'सेवा वितरण' पर केंद्रित 'उपयोगिता-आधारित दृष्टिकोण' में बदलना चाहिए। दिशानिर्देशों में इस तरह के सुधार का प्रस्ताव है ताकि संस्थानों को सेवाओं पर ध्यान केंद्रित करने वाली उपयोगिताओं के रूप में कार्य करने में सक्षम बनाया जा सके और जल शुल्क / उपयोगकर्ता शुल्क की वसूली की जा सके।
दिशानिर्देशों में सेंसर आधारित आईओटी तकनीकों का उपयोग करके उपलब्धता और गुणवत्ता का पता लगाने के लिए पानी को मापने का भी प्रस्ताव है।
जवाबदेही स्थापित करने के लिए कोई भी भुगतान करने से पहले तृतीय पक्ष निरीक्षण किए जाने का प्रस्ताव है।
जेजेएम के तहत कार्यान्वित योजनाओं का कार्यात्मक मूल्यांकन विभाग/एनजेजेएम द्वारा किया जाएगा।
दिशानिर्देश जेजेएम के तहत किए जाने वाले एचआरडी, आईईसी, कौशल विकास आदि जैसी सहायक गतिविधियों को भी सूचीबद्ध करते हैं।
इसी तरह, जल गुणवत्ता निगरानी और निगरानी जेजेएम के तहत एक महत्वपूर्ण घटक होने का प्रस्ताव है जिसमें पीएचई विभाग द्वारा जल गुणवत्ता परीक्षण प्रयोगशालाओं की स्थापना और रखरखाव और समुदाय द्वारा निगरानी गतिविधियों को शुरू किया जाएगा ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि आपूर्ति किया गया पानी निर्धारित है। गुणवत्ता और इस प्रकार जेजेएम के तहत कार्यक्षमता की परिभाषा का पालन किया जाता है।